Koran Jakarta | July 17 2019
No Comments
SAINSTEK

Metode Baru Mendeteksi Gen Penyebab Kanker

Metode Baru Mendeteksi Gen Penyebab Kanker

Foto : ISTIMEWA
Peneliti global di bidang medis mengembangkan perangkat baru untuk mengidentifikasi lebih awal gen kanker pada anak-anak.
A   A   A   Pengaturan Font

Kampanye untuk menyelamatkan anak-anak dari serangan penyakit yang mematikan terus dilakukan. Memanfaatkan perkembangan teknologi, para pakar mengembangkan perangkat untuk mendeteksi dini kanker pada anak-anak.

Peneliti di bidang medis mencoba perangkat baru untuk mengidentifikasi lebih awal gen kanker pada anak-anak. Menggunakan strategi komputasi baru, para peneliti di UT Southwestern Medical Center telah mengidentifikasi 29 perubahan genetik yang dapat berkontribusi pada rhabdomyosarcoma, kanker masa kanak-kanak yang agresif.

Kelompok ini menggunakan analisis Bayesian, metode untuk inferensi statistik, bersama dengan penyaringan menggunakan CRISPR / Cas9, alat pengeditan gen yang banyak digembar gemborkan untuk mengkonfirmasi prediksi statistik. Apa yang sudah dilakukan oleh para peneliti ini membantu menjelaskan “mesin” yang mendorong pembentukan rhabdomyosarcoma dan menyarankan sebuah perawatan potensial.

Selanjutnya, metode penelitian mereka dapat digunakan untuk mengidentifikasi driver genetik dari kanker lain. Hampir semua gen muncul dalam sel sebagai pasangan. Penelitian ini berfokus pada gen yang hanya ada satu salinan atau yang ada tiga atau lebih salinan. Peneliti datang dengan gagasan bahwa perubahan ekspresi gen-gen kanker kunci mungkin didorong oleh amplifikasi atau kerugian jumlah salinan genom.

“ Kami kemudian mengembangkan algoritma komputasi baru yang disebut iExCN untuk memprediksi gen-gen kanker berdasarkan genomewide copy-number dan data ekspresi gen,” kata Stephen Skapek, Kepala Divisi Hematologi-Onkologi Pediatri dan Harold C. Simmons Comprehensive Cancer Centre.

Pekerjaan ini juga menggunakan beberapa alat eksperimental baru, termasuk teknologi skrining CRISPR / Cas9, untuk memverifikasi fungsi gen kanker yang diprediksi ini di rhabdomyosarcoma.

“Algoritma iExCN dikembangkan berdasarkan statistik Bayesian, yang secara fundamental berbeda dari metodologi statistik yang umum digunakan, dan biasanya memberikan estimasi yang lebih akurat dari asosiasi statistik, meskipun melibatkan perhitungan yang lebih rumit dan waktu pemrosesan yang lebih lama,” kata Lin Xu, Instruktur di Departemen Ilmu Klinis dan Pediatrik.

Rhabdomyosarcoma, kanker otot skeletal yang berkembang, adalah kanker jaringan lunak yang paling umum pada anak-anak. Menggunakan algoritma untuk menganalisis data genomik dari 290 rhabdomyosarcoma tumor, para peneliti mengidentifikasi 29 gen yang terkait, banyak yang sebelumnya tidak terkait dengan rhabdomyosarcoma.

Yanbin Zheng, Asisten Profesor Pediatrik, menggunakan layar khusus CRISPR / Cas9 untuk memverifikasi penyebab genetik rhabdomyosarcoma yang diprediksi secara statistik ini. “Di antara gen rhabdomyosarcoma yang divalidasi, EZH2, CDK6, dan RIPK2 sangat layak untuk diselidiki lebih lanjut karena sudah ada obat yang menargetkan gen ini yang disetujui FDA atau dalam uji klinis,” kata Zheng.

“Kami mengeksplorasi strategi baru untuk terapi bertarget yang membidik gen ini,” kata Skapek. “Lebih penting lagi, penelitian kami mewakili pendekatan umum yang dapat diterapkan untuk mengidentifikasi driver onkogenik dan gen penekan tumor pada jenis kanker lain yang sebelumnya kami gagal untuk mengungkap kerentanan yang dapat ditargetkan,” tambah Skapek.

Skapek, yang memegang Ketua Distinguished dalam Penelitian Onkologi Pediatrik, mengatakan kelompok tersebut perlu untuk lebih lanjut memverifikasi peran yang menyebabkan kanker dari gen yang diidentifikasi oleh iExCN. Artinya penelitian ini menarik. 

 

nik/berbagai sumber/E-6

No comments for this article. Be the first to comment to this article.

Submit a Comment